突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，?]世界在废墟之上重`建。14岁的少年碇真嗣#%被父亲碇元渡叫到第`^`3新东京市。本以?为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物$与军队交火。危@]! 急之;下，特务机关NE# \RV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往;碇元渡所+)统领的NERV总部。但迎!接真+嗣的，却是是父亲冷/
`酷地命令：驾驶称为“EVA” 的巨大人型 ]+(!机器人与使徒战斗。本已/;表示拒绝]?^,的真嗣($;，看到重伤的替补驾)?,驶员绫波丽后
:，决;定遵从父亲的命令。就这样，.$+从[未[受过作@ .:战训练的_真嗣，准备驾驶E[:_(VA% 初号机迎战使徒。;*　　不断 袭来的使-@?徒，身份不明的绫波丽，@从德国来的驾驶员惣流·明日\
;)香=·兰格蕾，14岁的少^年要面对远?%超
;自己能`??:力的挑战。而碇 元渡 @不动
声色地观察一切+$，一个称为“人类补完+;计划” %的神秘计(!划正在按照他的计划实现。